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第200章 35%(感谢牛津面的盟主!)

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    学校的实验室条件没那麽好。
    空调老化,地方不大,房间里人也有点多。
    条件算是艰苦吧,大家却一点不觉得累,一个个热血沸腾的,就想着快点把这个项目做出来。
    陈浩上次这麽有动力的时候还是在大二夏天,跟老江去参加网吧举办的CS1.6网吧赛0
    时过境迁。
    曾经的M4网瘾少年,现在已经变成使用移液枪的高手了。
    蔡卓群将无酶水吸出,打入离心管底部,反覆吹打。
    王晓晴观察片刻後说:「测一下吧。」
    蔡卓群点点头,拔下枪头,拿着样本走到NanoDrop分光光度计前。
    用移液枪吸取了1微升样本,滴在检测基座上,放下检测臂,在连接的旧桌上型电脑上点击了测量。
    屏幕上很快跳出了数据。
    陆晓林停下了手里的活,转头问道:「多少?」
    蔡卓群:「浓度12ng/ul,A260/280比值是1.32,A260/230比值是0.7。
    C
    王晓晴盯着屏幕看了一会儿,有点无奈:「这已经是第四批废样了————」
    项目的难度远远超出除江河外所有人的预期。
    虽然之前江河用加入DMSO的方法,解决了PCR扩增阶段引物二聚体的问题。
    但解决了一个问题,接下来还会出现更多的问题——
    现在的瓶颈,卡在了提取上。
    miRNA在血液中的含量极低,且非常容易被血液中的RNA酶降解。
    纯度不够。
    A260/280的比值正常应该在1.8到2.0之间,低於1.8就意味着样本中存在大量的蛋白质污染。
    而A260/230比值只有0.7,更是说明里面混了大量的酚类物质或者盐离子。
    用这种样本去做下一步的逆转录,杂质会让逆转录酶失活,後面的PCR扩增根本跑不出真实数据。
    蔡卓群试图寻找原因:「王教授,是不是氯仿的用量不够?我们在取上清液的时候,可能还是带入了一些中间层的蛋白质。」
    王晓晴摇摇头:「上一批我们已经把氯仿的比例提高了百分之二十,离心时间也延长了五分钟,纯度是稍微好了一点,但是浓度直接掉到了5ng/ul以下。」
    陆晓林在一旁分析:「血清里全是蛋白,游离的核酸少,TrizoI提取法,用在血清上,天生就有缺陷。」
    实验室众人,陷入沉默。
    其实在後世,有专门针对血清的柱提法商业试剂盒,傻瓜式操作,半个小时就能得到高纯度的miRNA。
    但在08年,专门针对液体活检的试剂盒在国内根本买不到,就算买到了技术也还远未成熟,所以只能用最基础的化学试剂,手工一步步去抠。
    蔡卓群问:「王教授,有什麽办法没?」
    王晓晴:「别问我,江河呢?江河去哪儿了?」
    陈浩举手:「老江说有点事来着,马上回来。」
    王晓晴:「那大家先停一下吧,休息十分钟。」
    晓晴教授现在也是学聪明了。
    自己苦哈哈研究半天,不如江河回来一句话直接解决。
    与其浪费脑细胞,还不如休息休息,保存体力————
    众人出去休息时。
    易向晚和顾亦舟去给大家买水。
    在路上,易向晚罕见地没有开玩笑,略显忧愁的说道:「师兄,你说咱们这项目,到底能成吗?」
    顾亦舟看了他一眼:「怎麽了?不想干了?」
    「哎呀,那肯定不是啊,只是————我在想一件事嗷,退一万步讲,就算我们今天把提取纯度的问题解决了,就算接下来的逆转录、PCR体系全部都解决了,然後呢?」
    顾亦舟皱着眉头。
    易向晚接着说:「我们该如何验证呢?既然是胰腺癌早筛,那到了最後,验证模型是否有效的话,我们需要真正的患者样本吧?」
    「而且,我们需要的是【看起来完全健康,但实际上刚患上极早期胰腺癌的患者的血】。」
    其实这个问题,几个核心组员心里都有想过。
    只是大家都在闷头干活,谁也没有捅破。
    因为胰腺癌的隐蔽性极强。
    当患者因为腹痛、黄疸去医院就诊时,往往已经是中晚期了。
    极早期胰腺癌,患者自身没有任何症状,常规体检也查不出来。
    所以,想要拿到这种样本,唯一的途径就是依靠完善的血清生物样本库。
    就是医院长期保存大量体检人群的血清,几年後,当其中某些人被确诊为胰腺癌时,研究人员再把他们几年前还是健康状态时的血清找出来,用来测试江河的早筛模型,看看能不能在几年前的血液里发现异常的miRNA升高。
    但现实是,08年的中国,没有医院拥有如此完善的高质量血清生物样本库。
    协和也没有。
    「所以,如果找不到验证数据,验证数据就没意义————」
    「喝什麽?」顾亦舟打断了他。
    「啊?哦,呃,可乐吧,可乐就好。」
    易向晚接过冰可乐,在自己的脖子上滚了一圈,好凉。
    而後他说道:「师兄,我说这个不是打击老大的意思,我的意思是————」
    「行了,别解释了,想那麽多干嘛?这些问题是老大需要考虑的,我们现在的任务是把提取这关过了,别到了最後,老大从欧洲、从挪威、从美国把样本找来了,结果咱们连RNA都提不出来,那才叫丢人。
    1
    「靠,也是啊!确实有点想太多了————」
    两个人带着水回到实验室。
    发现江河已经回来了,正站在NanoDrop的屏幕前。
    而且王教授正在乖巧地汇报情况:「纯度提不上去,TrizoI的局限性,血清里的蛋白含量远超组织,吸取上清液的时候,不可避免地会带入杂质,如果要避免带入杂质,就只能吸取最表层的少量液体,但那样RNA的浓度又达不到下游PCR的要求,咋办?」
    江河淡然道:「不早跟你们说过了?加糖原。」
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    实验室里的人都愣了一下。
    老组员虽然听过江河讲这个事情,但是大家都不知道具体该怎麽执行啊————
    「噢,怪我,讲的不够细。」
    江河随後解释道:「在加入异丙醇沉淀之前,往水相里加入5微升浓度为5mg/ml的糖原作为共沉淀剂,不仅能作为载体帮助极微量的RNA聚集沉淀,还能让最後形成的沉淀团块变得肉眼可见,方便後续洗涤,减少丢失。」
    陆晓林思考了一下,提出了疑问:「可是这解决不了杂质的问题啊,只要我们用移液枪吸水相,还是会吸到蛋白。」
    江河回答:「所以,洗两遍,双重氯仿抽提,第一次加氯仿离心後,吸取上清液,移入新的离心管,然後,往吸出的这部分上清液里,再加一次等体积的氯仿,剧烈震荡,进行第二次离心,简单来说,牺牲第一次的取液量来换取纯度,然後再通过加入糖原共沉淀,把浓度拉回来。」
    这下大家听懂了。
    王晓晴在心里给自己点了个赞。
    放弃思考,果然是正确的。
    一听江河的就完事了!
    一啧,要是每个项目都能有一个江河就好了,就不用天天在实验室熬掉头发。
    晓晴教授马上就要步杨煦的後尘了。
    杨煦也是,自从跟江河合作上了手术台之後,就很想每次上手术台都把江河带上了——
    教授们需要严肃反思这种过於依赖江河的行为。
    实验在新方案下,再次开始。
    高速冷冻离心机,盖上盖子,设定参数:4摄氏度,12000g,15分钟。
    离心机运转的时候很吵。
    江河随便找了个凳子坐下,继续往後推演接下来的研究。
    刚才他离席出去打了个电话,聊的就是血清的事情。
    「放心吧,江河,我会走欧洲高规格的联合医学科研通道,通过跨国乾冰冷链把极早期患者的血清特批空运过来————」
    说出这话的顾老师,真是令人安心啊。
    实验室里其他人都有些紧张,大家都在等待这15分钟後的结果。
    易向晚看着江河的背影,浓浓的安全感瞬间涌上来了。
    仿佛只要他在,所有的问题就只是简单的步骤调整——————
    想必血清的问题,老大也一定能搞定的。
    确实是自己多虑了啊。
    但易向晚不知道的是。
    江河此刻的平静,到底是经历了什麽才换回来的。
    那时的医疗技术比08年先进得多。
    但对於江河来说,却是一个毫无意义的时代。
    她走得很快,胰腺癌晚期,从发现到离世,痛苦而短促。
    妻子去世後的那三年,他几乎住在了实验室里。
    疯了一样地查阅文献,去研究胰腺癌的早期标志物。
    总是在想,如果能早一点发现,她是不是就不会死?
    近乎病态的偏执,支撑着他最後一口气。
    当时江河也面对了这个提取纯度的问题。
    那时的试剂盒虽然好用,但成本极高。
    而且对於极其微量的标志物提取依然不够稳定。
    为了找到一套稳妥且成本可控的提取体系,他独自摸索。
    加多少浓度的糖原?离心机的温度差一摄氏度会怎样?转速提高500g会带来多少剪切力的破坏?
    前世的他,没有人指导。
    在一次次的数据报错中,在一管管作废的样本中,在一整夜一整夜的失眠中,凝聚出了这套完美的方案。
    一万次失败,才换来一次稳定的读数。
    那时的实验室比现在宽,设备比现在先进,但那是他这辈子待过最冷的地方。
    所以现在。
    秋日正好。
    只需要把曾经刻在骨子里的正确答案拿出来,就像在数学题上,毫不犹豫地写下那个唯一解。
    「滴一」
    离心机停止转动。
    蔡卓群立刻上前,小心翼翼,取出离心管。
    管底,出现了一个白色沉淀。
    加入糖原後,成功析出RNA复合体。
    加入无酶水溶解。
    移液枪吸取1微升。
    滴入NanoDrop基座。
    测量!
    新的数据出现。
    浓度:14ng/ul。
    A260/280:1.92。
    A260/230:2.01。
    极其完美的数据!
    虽然浓度只有十几,但这已经是普通提取法的数倍,最关键的是,它的纯度极高,足够支撑下游的逆转录PCR。
    王晓晴久久没有说话。
    她知道在现有的条件下,手工把血清RNA提取做到这种纯度和浓度,意味着什麽。
    这意味着极致的原理掌控和参数理解。
    这意味着,江河随口说出的几个步骤改动,直接跨越了当前业内好几年的摸索时间。
    她转过头,看向江河。
    在这个二十一岁的学生身上,她甚至看到了一种令人敬畏的科研压迫感。
    作为一个无神论者,江河身上有仙家的传说,现在是不得不信了————
    陈浩最淡定。
    他被江河装过最多的逼,自适应拉满。
    於是淡定道:「老江,纯度过关了。」
    江河点头,在实验记录本上边写边说:「提取这一步的标准作业程序就按这个定下来,接下来的所有血清样本,全部按照双重氯仿加糖原的流程提。」
    江河不忘夸了一句:「进度我很满意,各位,辛苦了,继续吧,我得去一趟医院,接下来的工作交给你们。」
    众人齐声应道:「收到!」
    江河洗完手,双手揣兜,离开实验室,帅得没话说。
    在他脑海里,其实有一个非常明确的进度条。
    【miRNA胰腺癌早筛项目进度:25%——————】
    提取流程攻克,再涨十个百分点。
    【miRNA胰腺癌早筛项目进度:35%————】
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